Kudo Shinichi là một thám tử trung học rất nổi tiếng, thường xuyên giúp cảnh sát phá án các vụ án khó khăn.[2] Trong một lần khi đang theo dõi một vụ tống tiền, cậu đã bị thành viên của Tổ chức Áo đen phát hiện. Chúng đánh gục Shinichi, làm cậu bất tỉnh và ép cậu uống loại thuốc độc APTX 4869 mà Tổ chức vừa điều chế nhằm bịt đầu mối. Tuy vậy, thứ thuốc ấy không giết chết cậu mà lại khiến cậu teo nhỏ thành một đứa trẻ.[3] Sau đó, cậu tự xưng là Edogawa Conan và được Mori Ran, bạn gái của cậu khi còn là Kudo Shinichi nhận nuôi và mang về văn phòng thám tử của bố cô là Mori Kogoro. Xuyên suốt series, Conan đã âm thầm hỗ trợ ông Mori phá các vụ án. Đồng thời cậu cũng phải nhập học Tiểu học, nhờ đó mà kết thân với nhiều người và lập ra Đội thám tử nhí.

Về sau một học sinh tiểu học bất đắc dĩ khác tên là Haibara Ai đã vào học lớp của Conan và tiết lộ rằng cô chính là thành viên của người đã tạo ra loại thuốc APTX 4869 mà Conan đã bị ép uống, vì muốn thoát khỏi Tổ chức Áo đen nên đã uống viên thuốc đó để tự sát. Kết quả là, thay vì chết thì cơ thể Haibara cũng bị teo nhỏ như Conan.[4] Trong vài vụ án liên quan đến Tổ chức Áo đen, Conan đã hỗ trợ các điệp viên của FBI và CIA.[5]

Năm 2007, Aoyama đã lên kế hoạch cho cái kết cho series nhưng đến hiện tại vẫn chưa ra mắt.[6]